En la temporada 94/95 irrumpía en Primera división un nuevo equipo gallego que nunca había militado en la categoría, ese club estaba dirigido por uno de los presidentes que le dio salsa a los finales de los noventa con declaraciones e incluso fue agredido por el fallecido Jesús Gil en la puerta de las oficinas de la LFP.

Durante cuatro años militó en la máxima categoría de nuestro fútbol y salieron entrenadores como Fernando Castro Santos y Fernando Vázquez que fueron entrenadores de moda. El primero está sin equipo después de haber entrenado al Pontevedra esta temporada, desde su paso por el Compostela ha estado en infinidad de equipos como el Celta, Sevilla, Sporting Braga y Almería entre otros. El segundo es uno de los entrenadores de la selección gallega de fútbol junto al creador del Superdépor, Arsenio Iglesias. Por el esedépasaron jugadores como Abadía, Ohen, Gudelj, Paco Llorente, Penev, Pinillos, Popov, Rádchenko y Tocornal entre otros.

Llegó el descenso a Segunda división y empezó el hundimiento del club en los mares de las deudas. Su paso por la categoría de plata podía haber sido efímero, para ello se mantuvo el bloque y se hicieron fichajes importantes para volver a lo más alto, pero quedaron octavos y las deudas empezaron a ver la luz. La temporada siguiente firmaron su descenso a Segunda B en Elche, pero a la hora de afrontar el siguiente curso, volvieron a cometer los mismos errores e intentaron mantener las altas nóminas y el club comenzó a no pagar los salarios, volviendo a subir a Segunda división.

La última temporada como profesional acabó como el rosario de la aurora, la plantilla no cobró en toda la temporada y a pesar de acabar octavos se terminó descendiendo administrativamente. En la categoría de bronce descendió al acabar penúltimo, pero se agravó con otro descenso administrativo que les enviaba a Regional, corría la temporada 2004/05. En esos momentos comenzó la liquidación del club y todos sus bienes, incluso la marca “SD Compostela”.

Se fundó otro club como el Campus Stellae, José María Caneda compró la marca antigua y la nueva entidad comenzó su andadura en Tercera división consiguiendo el ascenso. Nuevamente las deudas hicieron acto de presencia en la 2009/10 y vuelven a descender. Los impagos en la temporada 2010/11 manda nuevamente al club a Preferente regional y con ello la salida del polémico José María Caneda del club. Antonio Quinteiro se ha puesto al frente del club y quiere comenzar una nueva andadura con una gestión económica trasparente por el bien del fútbol compostelano.